Mietoistenlahden rantaniityt ja matalat avoimet rannat tarjoavat linnuille hyvän levähdys- ja ruokailupaikan pitkän ja raskaan muuttomatkan aikana. Lahdella levähtää kevätmuuton aikana samanaikaisesti jopa useita tuhansia vesilintuja, hanhia ja runsaasti avoimia rantoja tarvitsevia kahlaajia. Keväällä vesilinnuista runsaslukuisimpina Mietoistenlahdella levähtävät mm. isokoskelot ja tavit. Myös syysmuuton aikana lintumäärät ovat esim. hanhien osalta nykyään varsin mittavia. Isokoskeloita kertyy suuria määriä lahden ulompiin osiin myös loppusyksyllä ennen jäiden tuloa.