Mynälahti on kaloille tärkeä lisääntymis- ja poikasalue. Lahti on suojaisa ympäristö, joka mataluutensa vuoksi lämpenee keväisin nopeammin kuin avoimet merialueet. Keväällä jäiden lähdettyä ja vesien lämmitessä onkin useiden kalalajien kutuaika. Kalastus on perinteisesti ollut Mynälahdella tärkeä elinkeino. 

Joet kuljettavat Mynälahteen vettä mantereelta. Veden mukana Mynälahteen kulkeutuu muitakin aineita valuma-alueelta. Tällaisia aineita ovat esimerkiksi ravinteet, joita kulkeutuu Mynälahtea ympäröiviltä pelloilta. Ravinteet aiheuttavat vesistöön joutuessaan tuotannon lisääntymistä, josta käytetään nimitystä rehevöityminen.