Natura 2000 verkoston tarkoituksena on suojella luonnon monimuotoisuutta Euroopan Unionin alueella sekä turvata EU:n alueen arvokkaiden ja uhattujen luontotyyppien ja eliöiden säilyminen. Natura 2000 verkoston suojeltavat luontotyypit on lueteltu EU:n luontodirektiivissä. Natura 2000 verkostoon kuuluu myös lintudirektiivin mukaisesti suojeltavia alueita.

Natura 2000 alueet eivät yleensä ole tiukkoja luonnonsuojelualueita, joissa kaikki ihmistoiminta olisi kiellettyä. Natura 2000 alueilla pyritään varmistamaan alueiden ekologisesti sekä taloudellisesti kestävä käyttö. Natura 2000 alueilla voidaan suorittaa myös erilaisia hoitotoimenpiteitä suojeltavan luontotyypin tai lajin säilymisen turvaamiseksi.