Mynälahden pohjukka on kansallisesti tärkeä lintuvesi ja suojeltu Mietoistenlahden Natura-alue (FI0200089). Se on perustettu lintudirektiivin mukaiseksi erityiseksi suojelualueeksi, joka on suojeltu linnustollisten arvojensa perusteella (SPA-alue). Suojelualueeseen kuuluvat Laajoen ja Mynäjoen suistot ympäristöinen, sekä etelämpänä erillinen matala Louhisaarenlahti, joka on umpeutuva ja ruovikkoinen lahti.

Yleisesti matalaa merenlahtea voi luonnehtia viljelyalueiden ympäröimäksi, ruovikoita ja avoimia rantaniittyjä käsittäväksi suistoalueiden kokonaisuudeksi. Alueelta löytyy myös suojeltuja vanhan metsän sirpaleita, sekä hoidettuja perinnemaisemia mm. Saaren kartanon ympäristöstä. Lintuharrastajien keskuudessa alueesta käytetään yleisesti nimitystä Mietoistenlahti. Viljelyalueet täydentävät kokonaisuutta tarjoten mm. levähtäville hanhille ruokailualueita.

Mietoistenlahden alueella on rakennettua retkeilyinfrastruktuuria, mm. kolme lintutornia, esteetön lintulava, parkkipaikkoja ja wc. Lintutorneista kaksi sijaitsee Vaskikkahaassa Mynälahden pohjukan itäreunalla ja yksi Kuustonlahdella. Silakkarin kallio on niin ikään suosittu linnustonseuranta- ja maisemapaikka. Silakkarille pääsee pitkospuita pitkin laitumien läpi parkkipaikalta, jossa sijaitsee myös esteetön lintulava (ks. kartta Z).   

Umpeenkasvu on ollut alueen merkittävin uhka, ja laidunnusten miltei loputtua rannat ehtivät jo kertaalleen kasvaa umpeen. Järviruoko valtasi Mynälahden matalat vedet. Tätä vauhditti laajoilta viljelyaluilta tullut pitkäaikainen ravinnekuormitus. Vuosikymmenten kunnostuksilla ja laidunnuksen uudelleen aloittamisella on saatu merkittäviä määriä rantaniittyjä ja avoimia rantoja takaisin. Laajoilla järviruokokasvustoilla on kuitenkin myös omat arvonsa ja pesimälajinsa. Esimerkiksi monet sorsalinnut pesivät ruovikoiden suojissa, mutta kaipaavatkin reviirilleen myös avoimia rantoja ruokailualueikseen.  

Vaikka Mietoistenlahti onkin yksi maamme parhaista lintuvesistä, ovat sen linnustolliset arvot olleet monelta osin laskussa mittavista kunnostus- ja ennallistamistöistä huolimatta. Erityisesti tämä koskee pesimälinnustoa, jossa kuitenkin on sekä voittajia että häviäjiä. Voittajiin kuuluvat yleisesti ottaen monet isot linnut, kuten joutsenet, hanhet, kurjet ja merikotka. Näiden kaikkien määrä on kasvanut suuresti lahden alueella.

EU:n lintudirektiivillä pyritään varmistamaan Euroopan alueella luonnonvaraisina elävien lintulajien suojelun suotuisa taso. Lintudirektiivin avulla pyritään suojelemaan sekä lintulajeja, että niiden tarvitsemia elinympäristöjä, kuten Mietoistenlahtea.